عندما نتحدث عن السلبيات فإن العمل الإنساني بشكل عام لا يخلو من السلبيات،والتعليم الإلكتروني لا يخرج عن ذلك، ويمكن تلخيص أهم السلبيات في النقاط التالية:
- ضعف التعامل المباشر بين المعلمين والمتعلمين والتركيز بالدرجة الأولى على الجانب المعرفي، مما قد يضعف المهارات الاجتماعية لدى المتعلمين ، وخاصة في المرحلة الجامعية الأولى الذين سيفتقدون النماذج والقدوات من المعلمين للاكتساب والاستفادة المباشرة منهم، والاحتكاك بهم،والأخذ منهم أكثر من مجرد المعارف والمعلومات بل السلوكيات ، والمهارات ، والقيم ، كما أن قلة اللقاءات بين المعلمين والمتعلمين يضعف من تمكين المعلمين من التعرف على مواهب وقدرات المتعلمين ، وبالتالي توجيههم التوجيه المناسب.
- يواجه بعض المتعلمين من خلال التعليم الإلكتروني صعوبة في التعبير عن آرائهم وأفكارهم كتابيًا، حيث إن العديد من المتعلمين يفضلون التعبير عن أفكارهم شفوياً وهي الطريقة التي اعتادوها سنوات طويلة من خلال دراستهم الأكاديمية ، بينما يحتاج مستخدمو التعليم الإلكتروني إلى التمكن من المهارات الكتابية للتعبير عن أفكارهم وآرائهم المختلفة.
- قد يؤدي استخدام التعليم الإلكتروني إلى ضعف الدافعية نحو التعلم والشعور بالملل نتيجة الجلوس أمام أجهزة الكمبيوتر وشبكات الإنترنت والتعامل معها لفترة طويلة من الزمن، وخاصة إذا كانت المادة العلمية المعروضة خالية من المؤثرات السمعية والبصرية التي تجذب المتعلم نحو التعلم
